На территории Логойского района расположены 2 озера, 20 прудов и водохранилище "Войковское" в г.п. Плещеницы, площадью 260 га. По району протекает 46 малых рек. Водохранилище "Войковское" передано в аренду Минскому областному БООР для промышленного и любительского лова рыбы, а пруд в д. Бурые арендуется ИП "Природа Люкс" для организации любительского лова рыбы.
Общая протяженность речной сети района составляет 673 км. В пределах района находятся левобережные притоки реки Вилии – реки Лонва, Двиноса, Илия, Крайщанка, Дроздна. Самая большая река района – Гайна с притоками Цна, Усяжа, Чернявка, относящаяся к бассейну реки Березина. Площадь водоохранных зон составляет 56,5 тыс. га, а прибрежных полос – 5,1 тыс. га.
